Ο Ιωάννης Κανονίδης γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1954. Είναι πτυχιούχος της Ιατρικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης με ειδικότητα στην Καρδιολογία και μετεκπαίδευση στη Γαλλία. Είναι Καθηγητής Καρδιολογίας στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης και εργάζεται επί 20 χρόνια στη Β΄ Καρδιολογική Κλινική του Ιπποκράτειου Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης. Είναι παντρεμένος με την Ιουλία Στεφάνου και έχουν αποκτήσει δύο παιδιά.
Η οικογένεια του βιογραφούμενου κατάγεται από την Αργυρούπολη του Πόντου. Ο προπάππος του βιογραφούμενου από την πλευρά του πατέρα του ονομαζόταν Ιορδάνης Κανονίδης και καταγόταν από την Τσολόσενα, ένα ορεινό χωριό έξω από την Αργυρούπολη. Ήταν δάσκαλος του χωριού και είχε τρία παιδιά. Ο παππούς του βιογραφούμενου από την πλευρά του πατέρα του ονομαζόταν Ιωάννης Κανονίδης και γεννήθηκε το 1875 στην Αργυρούπολη του Πόντου. Σπούδασε στο Φροντιστήριο Τραπεζούντας και έγινε δάσκαλος. Εργάστηκε επί 25ετία περίπου σαν δάσκαλος στα χωριά γύρω από την Αργυρούπολη και τέλος μέσα στην Αργυρούπολη. Υπήρξε ο τελευταίος διευθυντής του Φροντιστηρίου Αργυρουπόλεως. Παντρεύτηκε την Εριφύλη Μολυβδά από μεγάλη οικογένεια κτηματιών της Αργυρούπολης. Από το γάμο τους απέκτησαν επτά παιδιά, από τα οποία τα δύο πέθαναν. Τα παιδιά που επέζησαν ήταν κατά σειρά ηλικίας ο Ιορδάνης, η Τερψιχόρη, ο Ευάγγελος, ο Ορφέας και η Πάρεση. Η οικογένεια του Ιωάννη Κανονίδη έρχεται στην Ελλάδα με την ανταλλαγή των πληθυσμών το 1924 μαζί με άλλες 100 περίπου ελληνικές οικογένειες από την Αργυρούπολη. Έφεραν μαζί τους εικόνες και βιβλία από τη μεγάλη βιβλιοθήκη της Αργυρούπολης. Τα βιβλία υπάρχουν σήμερα στην Εύξεινο Λέσχη της Νάουσας, ενώ άλλα κειμήλια και εικόνες βρίσκονται στο Μουσείο Μπενάκη στην Αθήνα. Η οικογένεια εγκαταστάθηκε στη Νάουσα. Στην αρχή η οικογένεια έμενε σε πρόχειρα παραπήγματα και στις εκκλησιές της Νάουσας. Στη συνέχεια παραχωρήθηκε έκταση στα βόρεια της πόλης, στο συνοικισμό προσφύγων και εκεί έκτισαν το σπίτι τους και η οικογένεια έμενε εκεί.
Ο Ιωάννης Κανονίδης, παππούς του βιογραφούμενου, εργάστηκε ως δάσκαλος στον Κάτω Κοπανό (Χαρίεσσα), ένα χωριό έξω από την Νάουσα μέχρι το 1936. Εκείνη τη χρονιά απολύθηκε από την υπηρεσία γιατί κατηγορήθηκε ότι πήρε μέρος στο κίνημα του Πλαστήρα το 1935. Το γεγονός αυτό είχε μεγάλη επίπτωση στην οικογένεια γιατί ανάγκασε τα παιδιά να αλλάξουν τον επαγγελματικό τους προσανατολισμό. Ο πρωτότοκος γιος της οικογένειας, ο Ιορδάνης, διέκοψε τις γυμνασιακές του σπουδές και έγινε ράφτης. Οι υπόλοιποι, τρία συνολικά αδέλφια, Ευάγγελος, Ορφέας και Πάρεση, έγιναν δάσκαλοι γιατί οι σπουδές στην Ακαδημία ήταν σύντομες και διορίζονταν αμέσως.
Ο πατέρας του βιογραφούμενου, Ευάγγελος Κανονίδης, γεννήθηκε στην Αργυρούπουλη το 1917. Ήρθε στην Ελλάδα σε ηλικία 7 ετών. Σπούδασε στην Παιδαγωγική Ακαδημία Θεσσαλονίκης και διορίστηκε δάσκαλος στη Δοϊράνη Κιλκίς. Ο Ελληνοϊταλικός πόλεμος το 1940 τον βρίσκει να υπηρετεί τη θητεία του ως έφεδρος ανθυπολοχαγός σε συνοριακό φυλάκιο στον Έβρο (τριεθνές). Πολεμά στην Αλβανία σε λόχο πολυβόλων και μετά την κατάρρευση του μετώπου επιστρέφει στη Νάουσα με τα πόδια. Συνεχίζει να εργάζεται ως δάσκαλος στην περιοχή της Νάουσας. Κατά τον Εμφύλιο πόλεμο, ο Ευάγγελος Κανονίδης επιστρατεύεται στον Εθνικό Στρατό για τρεισήμισι χρόνια περίπου. Επιστρέφοντας, εγκαθίσταται και πάλι στη Νάουσα και υπηρετεί ως δάσκαλος για πολλά χρόνια στο 1ο Δημοτικό Σχολείο, στο οποίο έγινε και διευθυντής. Παντρεύτηκε τη Δόμνα Γρηγοριάδου το 1953 και από τον γάμο τους απέκτησαν τον βιογραφούμενο Ιωάννη. Το 1968 μετατίθεται στην Θεσσαλονίκη, όπου συνεχίζει να υπηρετεί ως διευθυντής σε διάφορα σχολεία, ενώ για κάποιο επίσης διάστημα υπηρέτησε και ως αναπληρωτής επιθεωρητής στην περιοχή της Γουμένισσας. Συνταξιοδοτήθηκε το 1975.
Η μητέρα του βιογραφούμενου, Δόμνα Γρηγοριάδου, καταγόταν επίσης από την Αργυρούπολη του Πόντου. Ο πατέρας της και παππούς του βιογραφούμενου ονομάζονταν Στέφανος Γρηγοριάδης και ήταν επίσης δάσκαλος. Η μητέρα της ονομάζονταν Θεοφανώ Παπαδοπούλου. Έγκριτο μέλος της οικογένειας υπήρξε ο Γερβάσιος Ωρολογάς (αδελφός της μητέρας του Στέφανου Γρηγοριάδη) ο οποίος διετέλεσε μητροπολίτης Κορυτσάς κατά την περίοδο του Μακεδονικού Αγώνα με ιδιαίτερη εθνική δράση. Η οικογένεια ήρθε μαζί με τους άλλους Αργυρουπολίτες στην Ελλάδα το 1924 και εγκαταστάθηκε στη Νάουσα, ενώ ο Στέφανος Γρηγοριάδης διορίστηκε δάσκαλος σε χωριό έξω από τη Νάουσα και υπηρέτησε μέχρι και μετά την απελευθέρωση, ακόμη και κατά τη διάρκεια της κατοχής, οπότε και συνταξιοδοτήθηκε. Το 1947 η οικογένεια μετακόμισε στη Θεσσαλονίκη.
Ο βιογραφούμενος Ιωάννης Κανονίδης γεννήθηκε το 1954 στη Θεσσαλονίκη και έζησε τα παιδικά του χρόνια στη Νάουσα. Τελείωσε εκεί το δημοτικό σχολείο και τις δύο πρώτες τάξεις του γυμνασίου. Το 1968, λόγω μετάθεσης του πατέρα του ο οποίος ήταν δάσκαλος, έρχεται στη Θεσσαλονίκη όπου τελειώνει το 5ο Γυμνάσιο Αρρένων Θεσσαλονίκης. Η οικογένειά του μένει στη Βασιλίσσης Όλγας, όπου εκείνη την εποχή υπήρχαν ωραιότατες κατοικίες. Το 1972 πετυχαίνει στις εισαγωγικές εξετάσεις και εισάγεται στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Το 1979 λαμβάνει το πτυχίο του και στη συνέχεια υπηρετεί για δύο χρόνια τη στρατιωτική του θητεία ως οπλίτης ιατρός. Κατόπιν υπηρετεί ως αγροτικός ιατρός στο Κερασοχώρι Ευρυτανίας και στο Νοσοκομείο Κομοτηνής. Λίγο αργότερα μεταβαίνει στο Παρίσι για μετεκπαίδευση και ειδικότητα στην καρδιολογία. Στο Παρίσι μένει περίπου έξι χρόνια όπου εργάζεται στα Νοσοκομεία Henri Mondor και Bichat, ενώ κάνει μεταπτυχιακές σπουδές στα Πανεπιστήμια Paris VII και Paris XII καθώς και τη διδακτορική του διατριβή. Επιστρέφει το 1987 στη Θεσσαλονίκη και εργάζεται στο Ιπποκράτειο Νοσοκομείο ως καρδιολόγος γιατρός ΕΣΥ, Υπεύθυνος στη Στεφανιαία Μονάδα. Το 1990 εκλέγεται λέκτορας στην Ιατρική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και επί 20 χρόνια εξελίσσεται στις Πανεπιστημιακές βαθμίδες, φθάνοντας μέχρι το βαθμό του Καθηγητή, συμμετέχοντας ενεργά σε επιστημονικές και εκπαιδευτικές δραστηριότητες. Συνεχίζει δε να εργάζεται στη Β΄ Κλινική του Ιπποκράτειου Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης. Παντρεύτηκε το 1987 την Ιουλία Στεφάνου. Από τον γάμο τους απέκτησαν δύο παιδιά, τον Ευάγγελο και την Ευανθία.