Οι Βρύσες είναι χωριό και κοινότητα της επαρχίας Αμαρίου. Βρίσκεται σε απόσταση 45 χμ. από το Ρέθυμνο και έχει υψόμ. 630 μ. Σήμερα κατοικείται από 180 κατοίκους. Στο χωριό υπάρχουν πολλές πηγές και για αυτό ονομάστηκε Βρύσες. Σύμφωνα με μια εκδοχή στα παλιά χρόνια ολόκληρο το λεκανοπέδιο ήταν μια λίμνη, η οποία έσπασε σε κάποιο σημείο της, τα νερά έφυγαν και έτσι δημιουργήθηκαν πολλές πηγές και το φαράγγι της Καλαμαύκας που έχει μήκος 100 μ. και πλάτος 20 μ. Το ποτάμι που περνά από το φαράγγι λέγεται Αιγιώτης και καταλήγει στην Αγία Γαλήνη.
Το χωριό είναι κτισμένο στους πρόποδες του βουνού Κέδρος. Είναι καταπράσινο και έχει πολλά πλατάνια. Σ’ αυτό βοηθούν πολύ τα τρεχούμενα νερά του που είναι άφθονα.
Δε γνωρίζουμε πότε ακριβώς κτίστηκε. Αρχικά υπήρχαν ο δήμος Σμιλές και άλλο ένα χωριό που λεγόταν Ελληνικό. Σε μια εκκλησία των Σμιλιών, που είναι σήμερα ερειπωμένη, υπάρχουν πολύ παλιές αγιογραφίες, πράγμα που σημαίνει ότι υπήρχε χωριό από πολύ παλιά. Οι κάτοικοι από τις Σμιλιές έκτισαν το χωριό Βρύσες, το οποίο στην εποχή της Τουρκοκρατίας κατοικούνταν απο Τούρκους αγάδες. Αυτό συμπεραίνεται από το γεγονός ότι στο χωριό υπάρχει τζαμί και σπίτια τούρκικα.
Οι παλιότερες οικογένειες του χωριού είναι οι Φουντεδάκηδες, οι Χανιωτάκηδες και οι Γιαννούλα κηδες.
Στο χωριό το 1940-1944 υπήρχε οργανωμένη αντίσταση, στην οποία πήραν μέρος
πολλοί κάτοικοι του. Τον Αύγουστο του 1944 μόλις μαθεύτηκε η οπισθοχώρηση των Γερμανών οι κάτοικοι δεν πρόλαβαν να πανηγυρίσουν για τη λευτεριά γιατί αιφνιδιάστηκαν στις 22 του μήνα από την απρόοπτη παρουσία των Γερμανών κατακτητών που βρίσκονταν ακόμα εκεί. Αφού συγκέντρωσαν τους άντρες του χωριού, τους εκτέλεσαν εν ψυχρώ. Στη συνέχεια άρπαξαν ό,τι αξιόλογο βρήκαν και κατέστρεψαν τελείως το χωριό. Τα γυναικόπαιδα με αυστηρή φρουρά οδηγήθηκαν προς το Ρέθυμνο. Στο δρόμο όμως τα άφησαν στα χωριά Μέρωνα και Αποστόλους. Μετά τη τελική αποχώρηση των Γερμανών ανοικοδόμησαν το χωριό οι επιζώντες κάτοικοι του.
Αιτία της παραπάνω καταστροφής ήταν η απαγωγή του Γερμανού στρατηγού Κράι-πε, τον οποίο πέρασαν από τα χωριά Άνω Μέρος, Βρύσες, Γερακάρι, Κρύα Βρύση και Ροδάκινο.
Ανάμεσα στο συνοικισμό Καρδά κ ι και στο χωριό υπάρχει ένα πανύψηλος βράχος, που ονομάζεται Πρασοχάρακας. Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας λένε ότι ατΐό την κορυφή του φαινόταν το Ρέθυμνο και το Ηράκλειο.
Εκεί, σύμφωνα με την παράδοση πάντα, ένας Έλληνας και ένας Τούρκος λογομαχούσαν. Ο Τούρκος υποστήριζε ότι αν πέσει ο Πρασοχάρακας, πράγμα που το θεωρούσε απίθανο, τότε θα ελευθερωθεί η Κρήτη. Όμως αυτό συνέβη εξαιτίας ενός κεραυνού, τότε που ελευθερώθηκε η Κρήτη. Τα συντρίμμια του φαίνονται ακόμα και σήμερα.
Στη θέση Μουγδάνα υπάρχει ένας πλάτανος, όπου οι οπλαρχηγοί της Κρήτης έκαναν τις συγκεντρώσεις τους. Κατά την παράδοση, αν κοπεί αυτός ο πλάτανος θα χαθεί το χωριό.
Επίσης στο χωριό υπάρχει μια πηγή που ονομάζεται Ξερόβρυση. Αυτή έχει νερό μόνο το χειμώνα. Πολλές φορές παρατηρήθηκε το εξής παράξενο φαινόμενο: Σε περίοδο ξηρασίας έτρεχε νερό, μόλις ο καιρός συννέφιαζε, προτού βρέξει.
Στην κοινότητα Βρυσών υπάγονται τα μετόχια Καρδάρι και Σμιλές.
Το χωριό έχει δύο εκκλησίες. Την Παναγία που κτίστηκε την εποχή της Ενετοκρατίας, αλλά γκρεμίστηκε επί Γερμανικής Κατοχής. Τώρα εκεί υπάρχει εικονοστάσι. Και τον Άγιο Γεώργιο που άρχισε να κτίζεται το 1910 και περατώθηκε το 1961. Την εκκλησία έκτισε μια καλόγρια, η Μαρία Προσκυνητή που όταν πέθανε, θάφτηκε έξω απ’ αυτήν.
*Στοιχεία από 15ετή έρευνα 1980-1995.