Οι Μύλοι είναι ένα από τα παλαιότερα χωριά της Σάμου, χτισμένο από τους πρώτους αποικιστές που έφτασαν στο νησί από την Πάτμο. Ήταν μάλιστα η πρώτη πρωτεύουσα του νησιού για περίπου 50 χρόνια, από το 1550 έως το 1600. Βρίσκεται δίπλα στις όχθες του Ίμβρασου ποταμού μέσα σε ένα καταπράσινο περιβάλλον γεμάτο με πορτοκαλιές και λεμονιές. Κατά την απογραφή του 2011 αριθμούσε 249 κατοίκους.
Το όνομα του χωριού οφείλεται στους παλιούς νερόμυλους που κινούνταν με τα νερά του Ίμβρασου, από τους οποίους έχουν απομείνει τρεις. Η αρχική του ονομασία, μέχρι και τον 18ο αιώνα, ήταν «Κιλίτζ Αλή Πασά», δηλαδή χωριό του Κιλίτζ, του Τούρκου ναυάρχου που συνέβαλε στην επαναποίκηση της Σάμου τον 16ο αιώνα, μετά από την ερήμωσή του που είχε συντελεστεί τον 15ο αιώνα.
Οι πρώτοι οικιστές του χωριού ήταν κεραμοποιοί, γεωργοί και κτίστες από την Πάτμο που έφτασαν μαζί με τον Νικόλαο Σαρακίνη, πλοηγό του Κιλίτζ Αλή Πασά. Μέχρι τα τέλη του 19ου αιώνα ήταν ιδιαίτερα ανεπτυγμένη η κεραμική τέχνη.
Οι Μύλοι έχουν μία όμορφη πλατεία με δύο μεγάλες μουριές και γύρω της γραφικές ταβέρνες. Κοντά στην πλατεία υπάρχει ένας μικρός μυκηναϊκός τάφος. Στην κορυφή του χωριού που προσφέρει εντυπωσιακή θέα βρίσκεται το ξωκλήσι του Αγίου Γεωργίου.
Κάθε χρόνο στις 16 Μαΐου εορτάζεται στους Μύλους η μνήμη του θαυματουργού Αγίου Μακαρίου του Νοταρά Επισκόπου Κορίνθου (1731-1805), καθώς σε ανάμνηση της διελεύσεώς του από το χωριό μετά τα μέσα του 18ου αιώνα, έχει ανεγερθεί από το 1825 ιερός ναός επ’ ονόματί του από τον μοναχό Κωνστάντιο, πνευματικό τέκνο του αγίου.