To Μαυρομμάτι είναι χτισμένο στην πλαγιά της Ιθώμης, του ιερού βουνού των Μεσσήνιων, δίπλα από τον χώρο της Αρχαίας Μεσσήνης. Το χωριό φιλοξενεί το Μουσείο της Αρχαίας Μεσσήνης με πλούσια αρχαιολογικά εκθέματα που ήρθαν στο φως από τις ανασκαφές στον γειτονικό αρχαιολογικό χώρο.
Η ονομασία του χωριού προέρχεται από το στόμιο (μαύρο μάτι) της αρχαίας πηγής – βρύσης της Κλεψύδρας, εκεί όπου, σύμφωνα με τον μύθο, οι νύμφες Ιθώμη και Νέδα έλουζαν τον Δία όταν ήταν μικρός και είχαν αναλάβει να τον αναθρέψουν. Τα τελευταία χρόνια το Μαυρομμάτι αναφέρεται και ως Αρχαία Μεσσήνη. Η αρχαία πόλη ιδρύθηκε το 369 π.Χ. από τον Θηβαίο στρατηγό Επαμεινώνδα, μετά τη νίκη του επί των Σπαρτιατών στη μάχη των Λεύκτρων και την εισβολή του στη Λακωνία. Ο Επαμεινώνδας επέλεξε την περιοχή για να χτίσει την πρωτεύουσα των ελεύθερων Μεσσηνίων. Η Αρχαία Μεσσήνη πήρε το όνομά της από τη μυθική βασίλισσα Μεσσήνη, κόρη του βασιλιά του Άργους Τριόπα. Η πόλη παρέμεινε το πολιτιστικό κέντρο της Μεσσηνίας μέχρι την επιδρομή των Γότθων του Αλάριχου που ανάγκασε τους εναπομείναντες κατοίκους της να την εγκαταλείψουν αναζητώντας ασφαλέστερους προορισμούς. Ο σημερινός επισκέπτης μπορεί να δει το λίθινο τείχος, μήκους 9,5 χλμ, το οχυρό της Ιθώμης, το Θέατρο, την Κρήνη της Αρσινόης, το Ασκληπιείο καθώς και ένα από τα εντυπωσιακότερα κτίσματα της αρχαιότητας, τη φημισμένη Αρκαδική Πύλη.
Η περιοχή αναφερόταν στις πηγές ως Μεσσήνη μέχρι τον 8ο αι. και στη συνέχεια ως Βολκάνο ή Βουλκάνο και έχει συνδεθεί με τη δράση του Οσίου Νίκωνος του Μετανοείτε, που με το κήρυγμά του κατά τον 10ο αι. προσπάθησε να εκχριστιανίσει τα σλαβικά φύλα που κατοικούσαν εκεί. Από εκείνη την εποχή χρονολογείται και η ανέγερση μιας σειράς εκκλησιών στην περιοχή της μεσσηνιακής ενδοχώρας και των ναών που σώζονται στο σημερινό Μαυρομμάτι: τον Άγιο Ιωάννη τον Ριγανά μέσα στο χωριό, το Φραγκοκλήσσι στον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Μεσσήνης, την Κλησά Κούκε, κοντά στη είσοδο του αρχαιολογικού χώρου και την Κλησά Πόρτη κοντά στην Αρκαδική Πύλη. Ο ναός του Αγίου Νικολάου, μέσα στο νεκροταφείο του οικισμού, χρονολογείται στον 12ο αιώνα.
Κοντά στο εκκλησάκι του Αγίου Ιωάννη βρίσκεται μία πηγή και είναι το σημείο αφετηρίας ενός μονοπατιού προς την κορυφή του όρους Βουλκάνου, όπου διασώζονται τα θεμέλια του ιερού ναού του Ιθωμάτα Δία. Σε ένα πλάτωμα, βορειοανατολικά του Μαυρομματίου και στο μέσον περίπου της απόστασης προς την κορυφή της Ιθώμης, έχει εντοπισθεί το Ιερό της Αρτέμιδος Λιμνάτιδος.