Τα Λουτρά είναι οικισμός της επαρχίας Ρεθύμνης. Υπάγεται στην κοινότητα Μέσης κι έχει πληθυσμό 100 κατοίκους. Είναι κτισμένος σε υψόμετρο 200 μ. Παλιά ο οικισμός ήταν κτισμένος 1 χμ. πιο πάνω από τη σημερινή θέση του και λεγόταν Αλιάκες. Στον καιρό της Τουρκοκρατίας οι Τούρκοι κατέβαιναν στον σημερινό οικισμό όπου είχαν φτιάξει Λουτρά και έτσι το μέρος αυτό ονομάστηκε Λούτρα. Τα λουτρά όμως εκείνα σήμερα δεν σώζονται.
Στις 3 Ιουνίου 1941, οι Γερμανοί εκτέλεσαν 10 άτομα στην τοποθεσία Κατσιγιάννη, όπου έκαψαν και σπίτια.
Στη θέση του παλιού χωριού υπάρχει και μια εκκλησία αφιερωμένη στην Αγία Άννα, όπου πάνω από την πόρτα, πάνω στον πέτρινο τοίχο είναι σκαλισμένη μια εικόνα, που απεικονίζει ένα ξίφος.
Στο σημερινό οικιομό υπάρχουν οι εκκλησίες του Αγίου Παντελεήμονα, της Αγίας Μαρίνας, της Αγίας Φωτεινής, της Παναγίας Γενέσιου Θεοτόκου και της ερειπομένης Αγίας Ελένης.
*Στοιχεία από 15ετή έρευνα 1980-1995.