Ο Καλονύχτης είναι χωριό και κοινότητα της επαρχίας Ρεθύμνης. Βρίσκεται 18 χμ. δυτικά του Ρεθύμνου. Είναι κτισμένο σε λόφο με υψόμετρο 250 μ., στην τοποθεσία Νικηφόρος. Στο χωριό ζουν σήμερα 154 κάτοικοι. Κυριότερα προϊόντα της περιοχής είναι το λάδι και τα κτηνοτροφικά.
Σύμφωνα με την παράδοση το χωριό οφείλει το όνομα του στο πιο κάτω περιστατικό: Όταν ο Νικηφόρος Φωκάς βρισκόταν στην Κρήτη, στρατοπέδευσε μια νύχτα στον παραπάνω λόφο. Όταν ξημέρωσε, κάποιος τον ρώτησε: «Πώς περάσατε τη νύχτα σας;» κι εκείνος απάντησε: «Καλή νύχτα!» Έτσι το χωριό ονομάστηκε Καλονύχτης και η τοποθεσία, όπου στρατοπέδευσε ο Νικηφόρος Φωκάς, Νικηφόρος.
Ο Καλονύχτης κτίστηκε γύρω στο 10ο αιώνα. Οι πρώτοι κάτοικοι ήταν γνήσιοι Κρητικοί, άποικοι από άλλα χωριά.
Οι παλιότερες οικογένειες του χωριού είναι οι Γαλεροί, οι Γιουλούντηδες, οι Μα-θιουδάκηδες, οι Ηλιάκηδες, οι Χαλίκηδες, οι Σταύρουλάκηδες κ.α.
Στον Καλονύχτη υπάρχει ένας μύλος που θεωρείται ενετικό κτίσμα. Σήμερα διατηρείται μόνο το κτίριο, χωρίς να λειτουργεί. Ενετικής περιόδου θεωρείται και η παλιά διατηρητέα εκκλησία της Παναγίας που βρίσκεται στο κέντρο του χωριού.
Η παράδοση αναφέρει ότι τα χρόνια της Τουρκοκρατίας μπήκαν οι Τούρκοι για να την καταστρέψουν. Πήραν μια βαριά (σφυρί) και χτύπησαν την Αγία Τράπεζα” το σημάδι υπάρχει και σήμερα. Με το χτύπημα ωστόσο πετάχτηκαν σπίθες, ενώ παράλληλα μια μεγάλη μέλισσα εμφανίστηκε στο καμπαναριό. Οι Τούρκοι φοβήθηκαν κι έφυγαν, χωρίς να πειράξουν την εκκλησία.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας αναφέρεται και ο εξής θρύλος: Στον Καλονύχτη ζούσε ο αλευρομυλωνάς Λαμπρινός Γάσπαρης. Όταν ήταν 18 χρονών, έκλεψε την Τουρκαμέτη, την κόρη του αγά από τον Καλονύχτη, την έκανε Χριστιανή κι έφυγαν για τον Αποκόρωνα. Για εκδίκηση ο αγάς έσφαξε το Μανόλη Ηλιάκη που ήταν επίσης μυλωνάς.
Στον Καλονύχτη, εκτός από την εκκλησία της Παναγίας, υπάρχει και το παλιό εκκλησάκι Μιχαήλ Αρχάγγελος, στην τοποθεσία Μετόχι. Ακόμη, πάνω σε ερείπια παλιάς εκκλησίας κτίστηκε το 1965 η εκκλησία του Αγίου Αντωνίου.
*Στοιχεία από 15ετή έρευνα 1980-1995.