Ο Ιωάννης Παγώνης γεννήθηκε στην Αθήνα το 1967. Είναι γιος του Νικόλαου Παγώνη και της Μαρίας Κανέλλου, με καταγωγή και των δύο γονέων από την Αθήνα. Σπούδασε στην Πολυτεχνική Σχολή του Πανεπιστημίου Πατρών και εργάζεται ως Πολιτικός Μηχανικός στο μελετητικό γραφείο «Παγώνης-Πολυχρονόπουλος-Κινάτος Ε.Ε.», συνέχεια του γραφείου μελετών που είχε ιδρύσει ο πατέρας του με τους συνεταίρους του το 1970. Είναι παντρεμένος με τη Μάγδα Χαρτζανιώτη και έχει αποκτήσει έναν γιο.
Οι ρίζες της οικογένειας Παγώνη χάνονται στη Σύρο, αλλά ο παππούς του βιογραφούμενου, Γιάννης Παγώνης, γεννήθηκε και έζησε στην Αθήνα, στην περιοχή του Μεταξουργείου. Το πατρικό του σπίτι ήταν στην Πλατεία Αυδή και για ένα μεγάλο διάστημα έζησε στο σπίτι με τις Καρυάτιδες, το διώροφο νεοκλασικό της οδού Αγίων Ασωμάτων 45, στη συνοικία του Ψυρρή. Το οίκημα, που έχει ανακηρυχθεί διατηρητέο και υπάρχει μέχρι σήμερα, είναι γνωστό χάρη στις δύο γλυπτές Καρυάτιδες που βρίσκονται στον εξώστη της πρόσοψης, στηρίζοντας την κορυφή. Ενέπνευσε μάλιστα τον Γιάννη Τσαρούχη ο οποίος το 1952 το αποτύπωσε σε μία υδατογραφία με τον τίτλο «Το σπίτι με τις Καρυάτιδες».
Ο παππούς του βιογραφούμενου είχε πολεμήσει στον Α΄ Βαλκανικό Πόλεμο και το 1912 ήταν από τους πρώτους στρατιώτες που εισήλθε στη Θεσσαλονίκη και από τότε κρατούσε ως λάφυρα δύο τουρκικά σπαθιά. Μετά τον Α΄ Βαλκανικό Πόλεμο, συνεταιρίστηκε με τον εύπορο κουνιάδο του που είχε έρθει από την Κωνσταντινούπολη και έφερε από το εξωτερικό τα πρώτα ταξί που κυκλοφόρησαν στην Αθήνα, αλλά στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο τα έχασε όλα, αφού τα αυτοκίνητά του επιτάχθηκαν από τον Ελληνικό Στρατό. Για ένα διάστημα ασχολήθηκε με την έκδοση αδειών οδήγησης.
Ο παππούς του βιογραφούμενου, Γιάννης Παγώνης, παντρεύτηκε με τη Μαγδαληνή, το γένος Ζωγράφου, που καταγόταν από το Άργος. Το επώνυμο δηλώνει ότι η οικογένεια είχε πολλούς ζωγράφους και αγιογράφους. Στο Βυζαντινό Μουσείο υπάρχει ένα έργο, «Ο επιτάφιος του Ζωγράφου», που είναι έργο του παππού του βιογραφούμενου, από την πλευρά της μητέρας του. Το ζευγάρι απόκτησε από το γάμο του τρία παιδιά. Τον Νίκο, πατέρα του βιογραφούμενου, τον Γιώργο και την Καίτη.
Παππούς του βιογραφούμενου, από την πλευρά της μητέρας του, ήταν ο Σαράντης Κανέλλος που γεννήθηκε το 1904 στο Παγκάρι όπου και έζησε. Δούλευε ως πιλοποιός στο εργοστάσιο του ξαδέλφου του, στο γνωστό πιλοποιείο Πουλόπουλου. Όταν έμαθε την τέχνη, άνοιξε δικό του μαγαζί στο Παγκράτι, φτιάχνοντας καπέλα.
Ο Νίκος Παγώνης, ο πατέρας του βιογραφούμενου, γεννήθηκε στην Αθήνα το 1924. Είχε καλά παιδικά χρόνια, χωρίς στερήσεις και σπούδασε Πολιτικός Μηχανικός στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Όταν βρισκόταν στο τρίτο έτος των σπουδών του αναγκάστηκε να διακόψει γιατί έγινε ο Εμφύλιος Πόλεμος και κατατάχθηκε φαντάρος. Πολέμησε στην περιοχή της Κόνιτσας και των γύρω ορεινών όγκων και τον Μάιο του 1949 πιάστηκε αιχμάλωτος στο χωριό Πυρσόγιαννη και μεταφέρθηκε σε στρατόπεδο συγκέντρωσης στην Αλβανία. Κρατήθηκε αιχμάλωτος για 7 χρόνια και άλλαξε 22 στρατόπεδα σε όλη την Αλβανία, δουλεύοντας σαν σκλάβος-αιχμάλωτος πολέμου σε διάφορα έργα υποδομής, κυρίως αρδευτικά. Επέστρεψε στην Ελλάδα το 1956, με την πρώτη ομάδα αιχμαλώτων που απελευθέρωσαν οι Αλβανοί και αποφάσισε να συνεχίσει τις σπουδές του στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Επειδή όμως είχαν περάσει πολλά χρόνια από τη διακοπή των σπουδών του, αρνήθηκαν να τον δεχτούν ξανά. Τελικά μετά από απειλές και «μάχη» που έδωσε, έγινε δεκτός και ολοκλήρωσε τις σπουδές του αποκτώντας το πτυχίου του Πολιτικού Μηχανικού το 1958.
Ξεκίνησε να εργάζεται στο γραφείο μελετών Ζεράρ Ναχνικιάν για να πλουτίσει τις γνώσεις του. Όταν ο Ναχνικιάν απεβίωσε, ανέλαβε αυτός το γραφείο μαζί με δύο συνεταίρους. Εργάστηκε στην εταιρεία μέχρι το 2006, που αποχώρησε μετά από ένα εγκεφαλικό που υπέστη. Απεβίωσε το 2015.
Ο Νίκος Παγώνης ήταν άνθρωπος της διασκέδασης, θετικό άτομο και γεμάτο αισιοδοξία, με ανοιχτό μυαλό, χωρίς άγχος. Ως πατέρας ήταν δίκαιος και μεγάλωσε το παιδί του με αξίες και ιδανικά. Είχε νυμφευθεί το 1966 τη Μαρία Κανέλλου, η οποία είχε γεννηθεί στο Παγκράτι το 1933 από τον Σαράντη Κανέλλο, με καταγωγή από την Αθήνα και την Παναγιώτα (Πότα), με καταγωγή από την Καλαμάτα. Η μητέρα του βιογραφούμενου είχε δύο αδέλφια, τον Δημοσθένη και τον Θεόδωρο. Τελείωσε το γυμνάσιο στο Παγκράτι και εργάστηκε αρχικά σε συμβολαιογραφείο ως γραμματέας. Μετά έπιασε δουλειά ως γραμματέας στα οικονομικά δικαστήρια, από όπου και συνταξιοδοτήθηκε.
Η Μαρία Παγώνη υπήρξε πολύ δυναμικό άτομο και ταυτόχρονα πολύ ευαίσθητη. Ήταν υπερπροστατευτική μητέρα και μεγάλωσε τον βιογραφούμενο Γιάννη με πολλή αγάπη.
Ο βιογραφούμενος, Γιάννης Παγώνης, γεννήθηκε στις 14 Αυγούστου 1967 στην Αθήνα, όπου και πέρασε πολύ όμορφα παιδικά χρόνια. Τελείωσε το λύκειο στην Κηφισιά το 1985, ενώ μέχρι την Α΄ Λυκείου υπήρξε μαθητής των εκπαιδευτηρίων Ζηρίδη. Από το 1981 έμενε με την οικογένειά του στην Πολιτεία.
Εκτιμώντας ότι τον περίμενε μία καλή δουλειά στο γραφείο μελετών του πατέρα του, ο βιογραφούμενος σπούδασε στην Πολυτεχνική Σχολή του Πανεπιστημίου Πατρών. Αφού τελείωσε τις σπουδές του, υπηρέτησε στο Σώμα Μηχανικού στο Ναύπλιο και από εκεί στη Θεσσαλονίκη και την Αθήνα, από όπου απολύθηκε το 1994. Αμέσως ξεκίνησε να δουλεύει στο γραφείο του πατέρα του, όπου συνεχίζει μέχρι σήμερα.
Η σημερινή εταιρεία «Παγώνης-Πολυχρονόπουλος-Κινάτος Ε.Ε.» είναι ένα σύγχρονο τεχνικό γραφείο που ασχολείται με στατικές μελέτες ιδιωτικών και κυρίως δημοσίων έργων. Το γραφείο έχει αναλάβει μεγάλα έργα στην Ελλάδα και το εξωτερικό και είναι ένα από τα καλύτερα γραφεία μελετών και από τα λίγα που έχουν επιζήσει κατά τη διάρκεια της οικονομικής κρίσης.
Τον ελεύθερο χρόνο του, ο Γιάννης Παγώνης τον περνάει διαβάζοντας κυρίως ιστορία. Παλιότερα ασχολήθηκε με τις καταδύσεις και το μπάσκετ.
Το 2001 ένωσε τη ζωή του με τη Μάγδα Χαρτζανιώτη, η οποία γεννήθηκε στην Αθήνα από τον Παναγιώτη και τη Βασιλική. Το ζευγάρι γνωρίστηκε στην Πάτρα, όταν ο Γιάννης Παγώνης σπούδαζε στο Πολυτεχνείο και η Μάγδα σπούδαζε στην Παιδαγωγική. Η σύζυγος του βιογραφούμενου εργάζεται ως εκπαιδευτικός σε δημοτικό σχολείο στη Ροδόπολη. Η ευτυχία τους ολοκληρώθηκε με την απόκτηση του γιου τους, Νίκου.
Ο Νίκος Παγώνης γεννήθηκε το 2002 και είναι φοιτητής του Βιολογικού. Μιλάει αγγλικά και γερμανικά. Ασχολείται με την τοξοβολία και το πινγκ-πονγκ.