Το Φανάρι βρίσκεται στο ανατολικό μέρος των Αγράφων σε υψόμετρο περίπου 350 μέτρων. Είναι χωριό του Δήμου Μουζακίου της Περιφερειακής Ενότητας Καρδίτσας και σύμφωνα με την απογραφή του 2011, έχει πληθυσμό 433 κατοίκους. Ο οικισμός είναι χτισμένος γύρω από το λόφο, στην κορυφή του οποίου δεσπόζει το Βυζαντινό Κάστρο.
Στη θέση του σημερινού χωριού βρισκόταν η αρχαία Ιθώμη που αποκαλείται από τον Όμηρο Κλωμακόεσσα. Στην Ιλιάδα αναφέρεται ότι η Ιθώμη με Βασιλιά τον Ποδαλείριο, γιο του Ασκληπιού, πήρε μέρος στον Τρωικό Πόλεμο. Μαζί με τον αδερφό του το Μαχάοντα, βασιλιά της Τρίκκης και της Οιχαλίας, είχαν επανδρώσει τριάντα βαθουλά καράβια. Το όνομα Ιθώμη προέρχεται από την ομώνυμη νύμφη που κατά την παράδοση μαζί με τη νύμφη Νέδα ανέθρεψε τον Δία. Το όνομα Φανάρι αναφέρεται για πρώτη φορά σε διάφορα έγγραφα από το 1200 μ.Χ. και φαίνεται ότι προήλθε από τη λέξη φαίνομαι, επειδή από τη θέση του στην κορυφή του λόφου φαίνεται όλος ο θεσσαλικός κάμπος.
Τον 13° αιώνα ιδρύθηκε η μονή Λυκουσάδας, κάτω από το Φανάρι (πριν το 1289), η οποία απετέλεσε για έναν αιώνα, μαζί με την Πόρτα Παναγιά (που το 1342 παραχωρήθηκε στους άρχοντες του Φαναρίου), το μεγαλύτερο κέντρο της Δυτικής Θεσσαλίας. Το 1289 εκδόθηκε χρυσόβουλλο του αυτοκράτορα Ανδρόνικου Β’ του Παλαιολόγου σχετικά με τη διασφάλιση της περιουσίας της μονής της Παναγίας της Ελεούσας της επονομαζόμενης Λυκουσάδας ή Λευκουσιάδας. Η μονή ιδρύθηκε από τη σύζυγο του πρώτου ηγεμόνα της Θεσσαλίας Ιωάννη Α΄ Αγγελου Κομνηνού Δούκα, η οποία ενδύθηκε το μοναχικό σχήμα με το όνομα Υπομονή και πιστεύεται ότι τότε πρέπει να δόθηκε στο χωριό η σημερινή του ονομασία.
Τα έτη 1303-1308 μ.Χ. η Άννα του Δεσποτάτου της Ηπείρου θέλοντας να προστατεύσει τα ανατολικά όρια του δεσποτάτου της εισέβαλε στη Θεσσαλία και κατέλαβε το φρούριο του Φαναρίου. Όμως οι Φράγκοι της Αθήνας επέδραμαν με τη σειρά τους στην Θεσσαλία, (στην κυριαρχία των οποίων μέχρι τότε ανήκε η Θεσσαλία) και ετοιμάστηκαν να ανακαταλάβουν το φρούριο. Η Άννα αναγκάστηκε να συνθηκολογήσει και επέστρεψε το φρούριο στους Φράγκους καταβάλλοντας μάλιστα και χρηματική αποζημίωση. Εκείνη την εποχή φαίνεται ότι το Φανάρι βρισκόταν στην ακμή του. Σε αυτό βοήθησε και η στρατηγική του θέση, αφού βρισκόταν στην έξοδο μιας από τις διόδους επικοινωνίας της Ηπείρου- Θεσσαλίας και έλεγχε ιδιαίτερα την οδό Τρικάλων- Άρτας. Για τους ίδιους λόγους οι Τούρκοι χρησιμοποίησαν το κάστρο ως ορμητήριο σε όλη τη διάρκεια της κυριαρχίας τους. Από τον 15ο αιώνα το Φανάρι ήταν έδρα επισκοπής.
Το Φανάρι κατακτήθηκε από τους Τούρκους για πρώτη φορά μάλλον το 1396-1397, κατά τη διάρκεια της επιτυχούς εκστρατείας του σουλτάνου Βαγιαζήτ Α’ στη Θεσσαλία. Μετά την ήττα των Τούρκων στη μάχη της Άγκυρας (από τους Μογγόλους) οι Βυζαντινοί ανέκτησαν την περιοχή, στην οποία όμως ήδη είχαν εγκατασταθεί Τούρκοι. Η τελική φάση της οθωμανικής εισβολής στη Θεσσαλία συντελέστηκε επί Μουράτ Β΄, ο οποίος ολοκλήρωσε την κατάκτηση της Θεσσαλίας σχεδόν αναίμακτα, με στρατηγό τον Τουραχάν μπέη, το 1423. Το 1444 ο Δεσπότης του Μυστρά Κωνσταντίνος Παλαιολόγος, ο μετέπειτα τελευταίος Βυζαντινός αυτοκράτορας, ανακατέλαβε προσωρινά τη Θεσσαλία και το Φανάρι αλλά νικήθηκε το 1446 από τον Τουραχάν μπέη και η Τουρκοκρατία συνεχίστηκε. Το Φανάρι έμεινε κάτω από τον τούρκικο ζυγό για 460 χρόνια. Κατά τον Απελευθερωτικό αγώνα υπήρξε πεδίο μαχών δύο φορές, το 1825 και το 1854, όταν επαναστάτησαν τα Άγραφα. Απελευθερώθηκε στις 18 Αυγούστου 1881, όταν ο υποστράτηγος Σπυρίδων Καραϊσκάκης, γιος του θρυλικού Γεωργίου Καραϊσκάκη, μετέπειτα βουλευτής Καρδίτσας, με σώμα 7.000 ανδρών κατέλαβε το φρούριο και ύψωσε την ελληνική σημαία εγκαθιστώντας το 4ο Τάγμα Ευζώνων.
Με την προσάρτηση της Θεσσαλίας και την αγορά των χωραφιών από τους Τούρκους, άρχισε η καλλιέργεια σιταριού και καλαμποκιού, η καπνοκαλλιέργεια και η ανάπτυξη της κτηνοτροφίας. Τα κυριότερα όμως προϊόντα είναι ο καπνός και το κρασί που ήταν και επί Τουρκοκρατίας το βασικό προϊόν της περιοχής . Παράλληλα αρκετοί ασχολούνταν με την αγγειοπλαστική και την καλλιέργεια λαχανόκηπων (μπαχτσέδες), όπως και επί Τουρκοκρατίας. Στη δεκαετία του 1960 με τον αναδασμό και τα αρδευτικά έργα άρχισε η συστηματική καλλιέργεια του βαμβακιού και καλαμποκιού και μέχρι το 1989 έπαψε τελείως η καλλιέργεια καπνού.
Τα σπίτια του Φαναρίου είναι πετρόκτιστα, κυρίως ισόγεια και μονώροφα. Τα παλαιότερα είναι χτισμένα με πέτρα και λάσπη ως συνδετικό, με ξύλινο μπαλκόνι στο εμπρόσθιο μέρος. Το κάτω μέρος του σπιτιού το χρησιμοποιούσαν ως κατώι για το σταυλισμό των ζώων.
Το κάστρο του Φαναρίου έχει αναστηλωθεί και βρίσκεται σε αρκετά καλή κατάσταση. Διέθετε δύο εισόδους, την κύρια στη νότια πλευρά του και μία βοηθητική στη βόρεια πλευρά. Η διάμετρος του οχυρού είναι 100 μ. περίπου. Η περίμετρός του είναι 230 μέτρα, ενώ το ύψος των τειχών του φτάνει τα δέκα μέτρα και το πλάτος τους τα δύο. Στο εσωτερικό του υπάρχουν ερείπια δύο δεξαμενών, καμαροσκέπαστης πυριτιδαποθήκης, ενός τζαμιού που πατάει επάνω σε παλιότερο κτίριο με λουτρό, καθώς και δίχωρου κτιρίου μπροστά στην είσοδο για τις ανάγκες της φρουράς.
Κάτω από το φρούριο, στη δασωμένη πλαγιά του λόφου, βρίσκεται το ξωκλήσι του Άι – Γιάννη, ρυθμού τρίκλιτης βασιλικής, που χτίστηκε το 1873 πάνω στα ερείπια αρχαίου ναού. Έχει ξυλόγλυπτο τέμπλο βυζαντινού ρυθμού που φέρει ημερομηνία κατασκευής το έτος 1882. Εντυπωσιακό είναι και το πέτρινο καμπαναριό, το οποίο χτίστηκε το 1886. Στο προαύλιο του ναού υπάρχουν πεσμένοι αρχαίοι κίονες.
Λίγο πριν την είσοδο του χωριού, είναι χτισμένη η εκκλησία του Αγίου Σεραφείμ, στη θέση όπου μαρτύρησε ο ιερομάρτυρας Σεραφείμ στα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Ο ναός πιστεύεται ότι χτίστηκε πάνω στα ερείπια αρχαίου ναού, αφιερωμένου στη Δήμητρα, όπως μαρτυρούν κολόνες που υπάρχουν διάσπαρτες τριγύρω. Χτίστηκε το 1930 με πρωτοβουλία του Μητροπολίτη Ιεζεκιήλ.
Ανάμεσα στα άλλα αξιοθέατα του Φαναρίου ξεχωρίζουν το πέτρινο δημοτικό σχολείο που χτίστηκε στα τέλη του 1920, η τοποθεσία με την Πηγή, όπου έχει δημιουργηθεί ένας χώρος αναψυχής, μέσα σε ένα βαθύσκιωτο πλάτωμα, τα παλιά καμίνια που χρησιμοποιούνταν για την αγγειοπλαστική, καθώς και το λαογραφικό μουσείο που ιδρύθηκε το 1982 από τον Εκπολιτιστικό Σύλλογο Φαναρίου «Το Κάστρο» και φιλοξενεί συλλογή με διάφορα αντικείμενα, κυρίως κεραμικά.