ωριό της επαρχίας Αγίου Βασιλείου. Απέχει 29 χλμ. νοτιοδυτικά του Ρεθύμνου, σε υψόμετρο 520 μ. και έχει 210 κατοίκους.
Η ονομασία του προήλθε από ένα εικόνισμα του Αγ. Ιωάννου που βρισκόταν σ’ ένα βάτο χωρίς να το ξέρουν οι κάτοικοι. Λέγεται πως κάποια κοπέλα έβλεπε πολλές φορές φως σ’ ένα βάτο και το είπε στους συγχωριανούς της. Επειδή δεν την πίστευαν και ήθελαν να λύσουν αυτό το μυστήριο, έβαλαν φωτιά στο βάτο που τους έδειξε η κοπέλα και στη στάχτη βρέθηκε το εικόνισμα του Αγίου Ιωάννου του θεολόγου μισο-καμένο. Γι’ αυτό και το χωριό ονομάζεται Άγιος Ιωάννης «ο καμένος».
Το εικόνισμα βρίσκεται φυλαγμένο στο ναό του Αγίου Παντελεήμονα, που είναι και ο πολιούχος του χωριού. Στο μέρος που βρέθηκε το εικόνισμα έχει χτιστεί ομώνυμη εκκλησία.
Για το πότε κτίστηκε το χωριό δεν υπάρχουν ακριβείς μαρτυρίες. Μας είναι όμως γνωστό ότι προέρχεται από την ένωση των συνοικισμών Πέτρες, Σαλβαράς, Παναγιά, Μεσονήσι, Αγία Παρασκευή, ίσως και μερικών άλλων που τα ονόματα τους δε μας είναι γνωστά. Οι συνοικισμοί αυτοί ενώθηκαν για να προστατευτούν από τις συχνές επιδρομές των πειρατών. Το χωριό, στο οποίο συγκεντρώθηκαν οι κάτοικοι όλων αυτών των συνοικισμών, ονομάστηκε Άγιος Ιωάννης.
Οι κάτοικοι του είναι Κρητικοί. Παλιότερες οικογένειες είναι οι: Τραντάληδες, Κουμεντάκηδες, Κατσουλάκηδες, Παυλάκηδες, Ζαμπετάκηδες, Θεοδωράκηδες, Πάκουμογιαννάκηδες, Κουτσουδάκηδες, Δασκαλάκηδες, Μαριδάκηδες, Παθουλάκηδες, Δασκαλαπωνάκηδες.
Κυριότερη ασχολία των κατοίκων είναι η γεωργία και λιγότερο η κτηνοτροφία. Κύριο προϊόν είναι το λάδι.
Επί Τουρκοκρατίας έγιναν πολλές και μεγάλες μάχες στο χωριό, στις οποίες όλοι σχεδόν οι κάτοικοι πήραν μέρος. Εξάλλου, το χωριό πυρπολήθηκε πολλές φορές από τους Τούρκους.
Κατά τη διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής οι κάτοικοι πήραν μέρος σε πολλές μάχες ενάντια στους κατακτητές. Στο χωριό κρυβόντουσαν Εγγλέζοι και Νεοζηλανδοί μέχρι να φυγαδευτούν για τη Μέση Ανατολή. Μια περιοχή του χωριού είχε πάρει την ονομασία Κυπαρίσσια Εγγλέζων, σε ανάμνηση των γεγονότων των χρόνων εκείνων.
Στη διάρκεια της Κατοχής οι Γερμανοί έκαψαν το συνοικισμό Καλή Συκιά, εξαιτίας της συμμετοχής των κατοίκων του στην απαγωγή του στρατηγού Κράιπε. Οι απαγωγείς αναγκάστηκαν να περάσουν μέσα από το χωριό για να μπορέσουν να ξεφύγουν από τους Γερμανούς που τους καταδίωκαν. Αναφέρεται ότι οι Γερμανοί μεταξύ των άλλων αγριοτήτων που διέπραξαν, έκαψαν και εφτά γυναίκες μέσα σε φούρνους.
Οι κάτοικοι του χωριού αναφέρουν κάποιο μύθο σχετικά μ’ έναν κτηνοτρόφο που λεγόταν Σαλβαράς. Ο Σαλβαράς, λένε, θέλησε να κτίσει μια εκκλησία, η περιοχή όμως δεν είχε καθόλου νερό. Τότε αυτός σκέφτηκε να χρησιμοποιήσει αντί για νερό, το γάλα που έπαιρνε από τα βόδια και τα γίδια. Με τον τρόπο αυτό κατόρθωσε να κτίσει την εκκλησία, που την ονόμασε Σωτήρας Χριστός. Στην ανατολική πλευρά της εκκλησίας πίστευαν οι κάτοικοι ότι ήταν νεκροταφείο αβάπτιστων παιδιών, τελώνια, όπως τα λένε στην Κρήτη. Από το σημείο αυτό αναφέρουν ότι ακούγονταν κλάματα μικρών παιδιών.
Στο χωριό υπάρχει και μια αξιόλογη σπηλιά με σταλακτίτες, που την ονομάζουν της Συκιάς το νερό. Λίγο μακρύτερα βρίσκεται το γεμάτο με φυσικές ομορφιές φαράγγι του Κότσυφα.
* Στοιχεία από 15ετή έρευνα 1980-1995.