Oικισμός της κοινότητας Μυξόρρουμα, σε υψόμετρο 360 μ. Έχει μόνο 72 κατοίκους, που ασχολούνται με τη γεωργία – κυρίως με την ελαιοκαλλιέργεια – και την κτηνοτροφία.
θεωρείται ο «Βενιαμίν» της επαρχίας Αγίου Βασιλείου του νομού Ρεθύμνης. Είναι πολύ μικρό χωριό, αλλά όχι και άσημο. Η ιστορία της Κρήτης έχει μιλήσει γι’ αυτό, μα περισσότερο γι’ αυτό το χωριό έχει μιλήσει η παράδοση.
Στα δυτικά του χωριού, σε μικρή απόσταση από την Αγία Πελαγία, υπάρχει η Καστανέ, μια πολύ όμορφη εξοχή με άφθονα νερά και εύφορα περιβόλια. Στη θέση αυτή αναφέρει η ιστορία, υπήρχε πριν από την Τουρκοκρατία ένα πλούσιο χριστιανικό χωριό. Σήμερα υπάρχουν μόνο ερείπια των σπιτιών του.
Άθικτες παραμένουν οι δυο εκκλησίες, η Μεταμόρφωση του Σωτήρα και ο Άγιος Ιωάννης ο θεολόγος. Το χωριό καταστράφηκε από τους Τούρκους οι περισσότεροι κάτοικοι σφάχτηκαν και μόνο δυο άτομα σώθηκαν και κατέφυγαν στην Αγία Πελαγία που ήταν μετόχι του μοναστηριού Μαλαθρέ. Μετά από πολλά χρόνια οι Τούρκοι επέτρεψαν στους επιζήσαντες κατοίκους του χωριού να εγκατασταθούν και πάλι στα σπίτια τους, όμως στο χωριό δεν υπήρχε σπίτι όρθιο και οι περιουσίες των κατοίκων είχαν περάσει σε ξένα χέρια. Εξάλλου, ήδη, είχαν εγκατασταθεί σε άλλα μέρη και ήταν δύσκολο να επιστρέψουν στον τόπο τους.
Ανατολικότερα της τοποθεσίας Καστανέ, υπάρχει το σημερινό χωριό Καστανές που εκείνα τα χρόνια ήταν μετόχι. Αποτελείται από ένα μικρό εκκλησάκι της Οσίας Πελαγίας και από μερικά κελιά μοναχών του τότε μοναστηριού Μαλαθρέ. Σήμερα το μοναστήρι αυτό στέκεται όρθιο αλλά ερειπωμένο. Μερικές οικογένειες, που ήθελαν να επαναπατρισθούν και δεν είχαν τη δύναμη να κτίσουν τα σπίτια τους, εγκαταστάθηκαν στα γύρω κτήματα του μετοχιού, χωρίς να πάρουν όμως την άδεια του ηγουμένου. Στο μεταξύ, το μοναστήρι του Μαλαθρέ έσβησε και αυτοί που είχαν προσωρινά εγκατασταθεί, τώρα, οριστικοποίησαν την παραμονή τους και με τον καιρό το μεγάλωσαν και το έκαναν χωριό. Επειδή ήταν μικρή η έκταση του χωριού, οι κάτοικοι πίστευαν ότι ήταν θεία τιμωρία να μην υπερβαίνει τις 25 οικογένειες.
Η Αγία Πελαγία είχε γίνει γνωστή σ* όλο το νησί και σε άλλα μέρη πιο μακρινά τόσο που και στους κατοίκους του τα χρόνια εκείνα – μα και σήμερα – να τους γίνεται τιμητική διάκριση. «Νά ‘στε παιδιά μου υπερήφανοι, έλεγε ο τελευταίος Τουρκομάνος καπετάν Χατζηδογιώργης, γιατί γεννηθήκατε, μεγαλώσατε και ανήκετε σε τούτο το χωριό, μικρό μα δοξασμένο». Στο Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, η νεοζηλανδική κυβέρνηση απένειμε στο χωριό εύσημο για τη βοήθεια που πρόσφεραν οι κάτοικοι στους Νεοζηλανδούς στρατιώτες.
Εκκλησίες που υπάρχουν στην Αγία Πελαγία είναι οι εξής: Άγιος Αντώνιος με αγιογραφίες των Ιεραρχών, του Χριστού, της φιλοξενίας του Αβραάμ και του Ευαγγελισμού. Η εκκλησία είναι κτισμένη μέσα σε σπηλιά. Δυτικά του οικισμού της Αγίας Πελαγίας υπάρχει ο ‘Αι Γιάννης ο θεολόγος με υπολείμματα αγιογραφιών και η Μεταμόρφωση του Σωτήρα. ‘Άλλες εκκλησίες, που είναι ανακαινισμένες, είναι η Αγία Παρασκευή, ο Άγιος Γεώργιος και ο Άγιος Νεκτάριος.
* Στοιχεία από 15ετή έρευνα 1980-1995.